באחריות ההנהלה להקים ולתחזק מערכת בקרה פנימית יעילה. במסגרת הביקורת על הדוחות הכספיים נדרשים רואי החשבון המבקרים לקבל הבנה של מערכת הבקרה הפנימית ולקבוע אם מערכת הבקרה הפנימית פועלת כמתוכנן. רואי החשבון המבקרים בוחנים את הבקרה הפנימית על ידי ביצוע הדרכות להבנת הבקרות הפנימיות ולהערכת הסיכון הכולל להצגה מוטעית מהותית בדוחות הכספיים.
לתעד את סוגי העסקאות שיש להן השפעה מהותית על הדוחות הכספיים. אלה הם סוגי עסקאות שהם המפתח לדוחות הכספיים, כי יש להם נפח גדול דולר. לדוגמה, תקבולי מזומנים ותשלומים במזומן תמיד יהיו המפתח לדוחות הכספיים, משום שהם מייצגים את המזומנים הנכנסים ויוצאים מהחברה. על מנת לתעד את כל סוגי העסקאות המשמעותיים, יש לעמוד על מספר פרמטרים (כלומר, סף מהותיות) הקובעים סכום דולר שנחשב משמעותי בדוחות הכספיים. לאחר שכל סוגי העסקה המשמעותיים מזוהים ומתועדים, הלקוח מתבקש לספק תיאור של התהליכים עבור כל כיתה.
מסמך הבנת מערכת הבקרה הפנימית של הלקוח תוך שימוש בתיאור ההליכים עבור כל סוג עסקה משמעותי הניתן על ידי הלקוח. חוק Sarbanes Oxley הביא לשינויים משמעותיים בדרך שבה מתוכננים הבקרות הפנימיות, מתועדות, מתוחזקות ומתוחזקות. התיעוד המשופר המתקבל (למשל, מפות תהליך) שהניהול נדרש לשמירה מקל על המבקר להשיג הבנה של מערכת הבקרה הפנימית של הלקוח. המבקרים להשתמש רשימות, תרשימי זרימה, נרטיבים שאלוני בקרה פנימית לתעד את ההבנה שלהם של מערכת הבקרה הפנימית של הלקוח.
בחר עסקה לדוגמה מכל אחת משיעורי העסקה המשמעותיים. לקבוע אם המדגם של עסקאות כראוי לזרום באמצעות מערכת הבקרה הפנימית בהתאם ההבנה שלך ואת התיעוד של איך המערכת צריכה לעבוד. לדוגמה, המבקר בוחר בעסקת תשלום במזומן ועוקב אותה מתחילתה ועד סופה באמצעות מערכת הלקוח (כלומר, מ הזמנת רכש מאושרת לצו הרכש המונפק, לתיעוד מסירה ופיקוח על טובין, לרישום ב חשבונות לעיוב, לעיבוד והוצאת תשלום, לבדיקת המחאה בבנק ולהצגה על דוח הבנק,) תוך ציון ותיעוד של חריגות מהליכי הבקרה הפנימיים המתועדים.
דון בתוצאות ההדרכה עם ההנהלה והודיע על כל הליקויים שזקוקים לתשומת לב מיידית. לתעד כל שינוי בהערכות הסיכון והאם הסיכון הכולל שצגה מוטעית מהותית בדוחות הכספיים עשוי להשתנות בכל אופן (גדל או ירד). לתעד את הממצאים בניירות העבודה של הביקורת ולהדגיש כל ממצא שניתן להציג להנהלה במכתב ניהול או להשפיע על חוות דעת הביקורת בכל דרך שהיא.