תהליך הביקורת של מערכת חשבונאית ממוחשבת כרוך בחמישה שלבים עיקריים: ביצוע הביקורת הראשונית (תכנון הביקורת); סקירה והערכה של בקרות פנימיות; (בדיקות הבקרה הפנימית); בדיקה מהותית (בדיקת הנתונים המפורטים); ודיווח (מסקנות וממצאים). על המבקר להגיע להבנה עם הלקוח לגבי היקף הביקורת ומגבלותיה מתחילתה. זה יקל על השגת מטרות הביקורת ביעילות וביעילות.
לערוך סקר ראשוני של הישות. זוהי עבודה ראשונית כדי לתכנן כיצד הביקורת צריכה להתבצע. רואי החשבון המבקרים אוספים מידע על מערכת החשבונאות הממוחשבת הרלוונטית לתוכנית הביקורת, לרבות: הבנה ראשונית של אופן המאורעות החשבונאיים הממוחשבים; זיהוי חומרת המחשב ותוכנה המשמשות את הישות; הבנה ראשונית של כל יישום חשבונאות משמעותי מעובד על ידי המחשב; וזיהוי של יישום מתוכנן של יישומים חדשים או תיקונים ליישומים קיימים ובקרות רלוונטיות.
להשיג ולתעד הבנה של בקרות פנימיות. ישנם שני סוגים של פקדים: כללי ויישום. בקרות כלליות הן אלה המכסות את הארגון, הניהול והעיבוד בסביבת המחשב, אך אינן קשורות ליישומים מסוימים. הם צריכים להיבדק לפני בקרות היישום, כי אם הם נמצאו להיות לא יעיל המבקר לא יוכל להסתמך על בקרות היישום. בקרות כלליות כוללות דברים כגון הפרדה נכונה של חובות, תוכנית אסון, גיבוי קבצים, שימוש בתוויות, בקרת גישה, נהלים לרכישה והטמעה של תוכניות וציוד חדשים וכו '. בקרות יישומים מתייחסות למשימות ספציפיות שמבצעת המערכת. הם כוללים בקרות קלט, בקרות עיבוד ובקרות פלט ויש לספק ביטחון סביר כי ייזום, הקלטה, עיבוד ודיווח של נתונים מבוצעות כראוי.
בצע בדיקות תאימות כדי לקבוע את מזג האוויר הבקרות למעשה קיימים ולתפקד כמתוכנן. קיימות שלוש גישות כלליות לבדיקת ציות: גישת נתוני הבדיקה, כאשר למבקר יש עסקאות בדיקה המעובדות באמצעות מערכת הלקוח ולאחר מכן משווה את התוצאות לתוצאות שנקבעו מראש; גישת המתקן המשולב, כאשר עסקאות דמה מעובדות יחד עם עסקאות אמיתיות ובהשוואה לתוצאות המבקר שנקבעו מראש; וגישת הסימולציה המקבילה, שבה מעובדים עסקאות אמיתיות באמצעות מערכת הלקוח וכן באמצעות מערכת מקבילה שנקבעה על ידי המבקר תוך שימוש באותן תוכניות והתוצאות מושוות. תוצאותיהן של גישות בדיקה אלה ישמשו למבקר אם הבקרות קיימות ומתפקדות כראוי.
בצע בדיקות מהותיות כדי לקבוע אם הנתונים אמיתיים. על המבקר להשיג ולהעריך ראיות בדבר טענות ההנהלה לגבי הדוחות הכספיים. יש חמש טענות: שלמות; זכויות וחובות; הערכה או הקצאה; קיום או התרחשות; הצגת דוחות וגילוי. המבקר משתמש בקביעות כדי לפתח מטרות ביקורת ולעצב בדיקות מהותיות. מבחנים מהותיים הם בדיקות של עסקאות ויתרות ונהלים אנליטיים שנועדו לבסס את הטענות. על המבקר לקבל חומר ראייתי מוסמך מספיק כדי לספק בסיס לחוות דעת לגבי הדוחות הכספיים המבוקרים. אם לא ניתן להשיג ראיות מתאימות מספיק אז לא ניתן לתת חוות דעת.
כתוב את דוח הביקורת כדי להשלים את הביקורת. דוח הביקורת יכלול חוות דעת בלתי מסויגת, חוות דעת מוסמכת או כתב ויתור על חוות דעת. חוות דעת בלתי מסויגת פירושה כי הדוחות הכספיים מוצגים באופן נאות בהתאם לדוחות הכספיים המקובלים (GAAP). חוות דעת מוסמכת פירושה שהדוחות הכספיים מוצגים באופן נאות בהתאם לכללי החשבונאות המקובלים למעט חלק מהנפקת ההנפקה. כתב ויתור על חוות דעת פירושו כי המבקר לא היה מסוגל להשיג ראיות מתאימות מספיק כדי לגבש חוות דעת. לאחר פרסום דוח הביקורת הביקורת הושלמה.
